Alors que le dieu guerrier prend Nausicaä pour sa mère, cette dernière tente d'en profiter pour l'amadouer. Elle va aussi et surtout découvrir la source du mal qui ronge l'humanité depuis des millénaires, ainsi que la véritable origine de la mer de la décomposition. Au terme de cette révélation choquante, elle devra décider du devenir de la planète...